Zakład Biologii Nowotworów

Posted on by woytasek

 

 

 

 

Kierownik Zakładu

 

 

dr hab. n. med. Magdalena Chechlińska, prof. Instytutu

 

 

 

 

Sekretariat 

Alicja Tondera

 

Pracownia mikrośrodowiska nowotworów

Kierownik Pracowni – dr hab. n. med. Magdalena Chechlińska, prof. Instytutu

dr n. med. Agata Kurzyk

mgr Kateryna Maslova

dr n. med. Joanna Moes-Sosnowska

mgr Joanna Parada

mgr Laura Szafron

dr n. med. Łukasz Szafron

 

Pracownia mechanizmów nowotworzenia

Kierownik Pracowni – dr hab. n.med. Jan Konrad Siwicki, prof. Instytutu

mgr Mariusz Kulińczak

dr n. med. Maria Sromek

st. techn. analityki Anna Leonowicz

 

Pracownia hodowli komórkowych

Kierownik Pracowni – dr n.przyr. Joanna Miłoszewska

inż. Grzegorz Chojnowski

 

 

DANE KONTAKTOWE

 

02-781 Warszawa, ul. W.K. Roentgena 5 , wejście F,  piętro 8

 @: biologia.nowotworow@nio.gov.pl

 

 

 

OPIS ZAKŁADU

 

Zakład Biologii Nowotworów prowadzi badania naukowe. Wiodąca tematyka obejmuje następujące zagadnienia:

 

MikroRNA jako jako biomarkery nowotworowe, w tym:

  • w agresywnych chłoniakach nie-Hodgkina z komórek B, w tym: w BLL,11q, w chłoniaku Burkitta, w DLBCL.
  • w osoczu chorych na niedrobnokomórkowego raka płuca.

 

Charakterystyka molekularna otoczenia guzów w raku endometrium

Zintegrowana analiza transkryptomu (profile ekspresji mRNA oraz mikroRNA) oraz metylacji DNA w próbkach raka trzonu macicy oraz w tkankach okolicznych, a także w otoczeniu guzów u pacjentek bez nowotworu złośliwego.

 

Plastyczność fenotypu komórek nowotworowych w kontekście poszukiwania nowych terapii

Analiza odwracalności zmian fenotypu komórek nowotworowych pod wpływem wybranych związków ukierunkowanych na komórki inicjujące nowotwór.

 

Mikrośrodowisko guzów jajnika

  • Charakterystyka molekularna i immunologiczna guzów granicznych i raków jajnika w kontekście odpowiedzi na leczenie i złośliwej transformacji guzów granicznych. Analiza mikrośrodowiska granicznych i złośliwych guzów jajnika pod kątem genotypu, metylacji DNA, ekspresji genów kodujących białka i lncRNA.
  • Analiza klinicznego znaczenia i funkcji transkryptów długich niekodujących RNA w guzach jajnika
  • Badanie funkcji i klinicznego znaczenia CRNDEP – mikropeptydu odkrytego przez pracowników Zakładu, którzy opublikowali w GeneBank również sekwencję pierwszych kompletnych transkryptów CRNDE

 

Badania przedkliniczne in vitro

  • Analiza cytotoksyczności związków chemicznych substancji czynnych, skuteczności potencjalnych, nowych leków przeciwnowotworowych, jak i nowych biomateriałów zgodnie z normą ISO-10993-5-2009
  • Analiza zmian apoptotycznych i nekrotycznych oraz zatrzymania cyklu komórkowego
  • Badanie lekooporności komórek nowotworowych w tym oznaczanie dawki IC50
  • Analiza i obrazowanie mikroskopowe materiału biologicznego utrwalonego i charakterystyka przyżyciowa

 

Modele nowotworów in vitro

Hodowle komórek in vitro prawidłowych i nowotworowych, pierwotnych z tkanek, ustalonych linii (kom. przylegające, rosnące w zawiesinie, sferoidy, hodowle 3D) w warunkach hipoksji i normoksji, prowadzone zgodnie z wytycznymi dobrych praktyk laboratoryjnych (GLP).

Opracowanie nowatorskiego modelu mikrośrodowiska raka płaskonabłonkowego skóry w oparciu o technologię biodruku trójwymiarowego (3D) i ocena odpowiedzi na cetuksymab.

Ponadto Zakład Biologii Nowotworów zajmuje się:

  1. Oznaczaniem mutacji w genie RET na rzecz Poradni Genetycznej
  2. Prowadzeniem banku komórek i tkanek w ciekłym azocie.

 

 

REALIZOWANE GRANTY

 

  • 101057127 — WCT EVI MAP, HORIZON-HLTH-2021-CARE-05 (2022–2026): Mapping the Evidence for the WHO Classification of Tumours: a Living Evidence Gap Map by Tumour Type (WCT EVI MAP) (kierownik pakietu zadań realizowanego w NIO – PIB: Magdalena Chechlińska). https://wct-evi-map.iarc.who.int/
  • 2020/37/B/NZ5/04215 (2020–2024): Kompleksowa charakterystyka mikrośrodowiska granicznych, wysoko zróżnicowanych oraz nisko zróżnicowanych surowiczych guzów jajnika w kontekście cech kliniczno-patologicznych, w oparciu o sekwencjonowanie nowej generacji (kierownik: Łukasz Szafron).
  • 300/2021 (2022–2023): „Opracowanie nowatorskiego modelu mikrośrodowiska raka płaskonabłonkowego skóry w oparciu o technologię biodruku trójwymiarowego (3D) i ocena odpowiedzi na cetuksymab” (kierownik: Agata Kurzyk).
  • SN/GW018/2020 (2020–2022): „Zintegrowana analiza zmian molekularnych w morfologicznie prawidłowych komórkach w otoczeniu guza w raku trzonu macicy w poszukiwaniu nowych biomarkerów onkologicznych” (kierownik: Jan Konrad Siwicki).
  • SN/GW/005/2020 (2020–2022): „Analiza ekspresji długich niekodujących RNA (ang. long non-coding RNA, lncRNA) w rakach jajnika, jako potencjalnych, nowych markerów wczesnej diagnostyki, wskaźników rokowniczych i predykcyjnych” (kierownik: Magdalena Chechlińska).
  • SN/GW/019/2020 (2020–2022) (współpraca): „Charakterystyka molekularna metylomów guzów granicznych jajnika oraz wysoko i nisko zróżnicowanych raków jajnika typu surowiczego”(kierownik: Piotr Sobiczewski).
  • SN/GW012/2020 (2020–2022) (współpraca): „Eksploratywna (jakościowa) analiza eksomu germinalnego DNA w poszukiwaniu predyspozycji do zachorowania na raka śluzowego jajnika u pacjentek poniżej 35 roku życia” (kierownik: Agnieszka Dansonka-Mieszkowska).
  • SN/GW08/20 (2020–2022) (współpraca): „Różnicowanie agresywnych chłoniaków B-komórkowych (B-NHL) poprzez określenie wzoru zmian molekularnych w obrębie cytogenetycznie zdefiniowanych, diagnostycznie użytecznych aberracji: 1) duplikacji/delecji (11q) [dup/del(11q)] oraz 2) insercji w locus genów MYC i IGH. Ocena profilu mutacyjnego przypadków z dup/del(11q) w kontekście rearanżacji /powielania genu MYC” (kierownik: Beata Grygalewicz).
  • 657/19 (2019–2021) „Ocena klinicznego znaczenia zmian liczby kopii genu CEBPA oraz ich wpływu na przeżycie i odpowiedź na leczenie u pacjentek z rakiem jajnika” (kierownik: Łukasz Szafron).
  • 658/19 (2019–2022): „Profil mikroRNA w osoczu chorych na niedrobnokomórkowego raka płuca przed leczeniem i po usunięciu guza” (kierownik: Jan Konrad Siwicki).
  • 2016/23/D/NZ5/01453 (2017–2020): „Analiza molekularna genu CRNDE oraz próba oszacowania funkcji i klinicznego znaczenia nowo odkrytego mikropeptydu kodowanego przez ten gen” (kierownik: Łukasz Szafron).
  • 103/18 (2018–2020) „Badanie ekspresji długich niekodujących RNA w rakach jajnika metodą sekwencjonowania następnej generacji” (kierownik: Magdalena Chechlińska)
  • 2015/17/N/NZ5/01392 (2016–2020) (współpraca): „Badanie wpływu ekspresji genu CRNDE oraz jego nowo odkrytego produktu białkowego na wybrane aspekty procesu nowotworzenia. Próba określenia jego wpływu na proliferację, roli związanej z lokalizacją centrosomalną oraz identyfikacji partnerów białkowych” (kierownik: mgr Anna Balcerak).
  • SN/GW38/2017 (2017–2018): „Profil ekspresji mikroRNA w płynie mózgowo-rdzeniowym oraz w archiwalnym materiale z biopsji mózgu pacjentów z pierwotnymi chłoniakami ośrodkowego układu nerwowego i nienowotworowymi chorobami neurologicznymi” (kierownik: Jan Konrad Siwicki).
  • 824/14 (2014–2018): „Oporny na fenforminę wariant linii raka jajnika IGROV 1, jako model plastyczności komórek o fenotypie nowotworowych komórek macierzystych w raku jajnika” (kierownik: Jan Konrad Siwicki).
  • SN/GW07/2015 (2015–2017): „Ocena przydatności oznaczania poziomu ekspresji wybranych mikroRNA w płynie mózgowo-rdzeniowym oraz w archiwalnym materiale z biopsji mózgu dla różnicowania pierwotnych chłoniaków ośrodkowego układu nerwowego i nienowotworowych chorób neurologicznych” (kierownik: M. Cieślikowska).
  • 02.03.00-14-084/13 (2013–2015): ONKO.SYS – Kompleksowa infrastruktura informatyczna dla badań nad nowotworami (koordynator: Magdalena Chechlińska).
  • 150/12 (2012–2013): „Ocena in vitro wpływu wybranych związków na komórki o cechach nowotworowych komórek macierzystych w raku jajnika” ( kierownik: Jan Konrad Siwicki).
  • NN402 286436 (2009–2012): „Przydatność oceny poziomu ekspresji mikroRNA-155 dla różnicowej diagnostyki chłoniaka Burkitta oraz chłoniaka rozlanego z dużych komórek B” (kierownik: Jan Konrad Siwicki).
  • NN 401 050 138 (2010–2012): „Profil ekspresji mikroRNA w zależności od statusu genu TP53 w pierwotnym raku jajnika” (kierownik: Magdalena Chechlińska)
  • 2 P05A 150 29 (2005–2008): „Ekspresja genów w zależnych od interleukiny 2 (IL-2) normalnych i spontanicznie immortalizowanych limfocytach T po pozbawieniu ich czynnika wzrostowego” (kierownik: Jan Konrad Siwicki).

 

WYBRANE PUBLIKACJE NAUKOWE

 

Del Aguila Mejía J, Armon S, Campbell F, Colling R, Chechlinska M, Kowalewska M, Pollán M, Holdenrieder S, Tan PH, Cree I, Indave Ruiz BI. Understanding the use of evidence in the WHO Classification of Tumours: a protocol for an evidence gap map of the classification of tumours of the lung. BMJ Open. 2022;12(10):e061240. doi: 10.1136/bmjopen-2022-061240.

Kulinczak M, Sromek M, Panek G, Zakrzewska K, Lotocka R, Szafron LM, Chechlinska M, Siwicki JK. Endometrial Cancer-Adjacent Tissues Express Higher Levels of Cancer-Promoting Genes than the Matched Tumors. Genes (Basel). 2022;13(9):1611. doi: 10.3390/genes13091611.

Dansonka-Mieszkowska A, Szafron LA, Kulesza M, Stachurska A, Leszczynski P, Tomczyk-Szatkowska A, Sobiczewski P, Parada J, Kulinczak M, Moes-Sosnowska J, Pienkowska-Grela B, Kupryjanczyk J, Chechlinska M, Szafron LM. PROM1, CXCL8, RUNX1, NAV1 and TP73 genes as independent markers predictive of prognosis or response to treatment in two cohorts of high-grade serous ovarian cancer patients. PLoS One. 2022;17(7):e0271539. doi: 10.1371/journal.pone.0271539.

Gnocchi D, Kurzyk A, Mintrone A, Lentini G, Sabbà C, Mazzocca A. Inhibition of LPAR6 overcomes sorafenib resistance by switching glycolysis into oxidative phosphorylation in hepatocellular carcinoma. Biochimie. 2022:S0300-9084(22)00192-4. doi: 10.1016/j.biochi.2022.07.016.

Sromek M, Rymkiewicz G, Paziewska A, Szafron LM, Kulecka M, Zajdel M, Kulinczak M, Dabrowska M, Balabas A, Bystydzienski Z, Chechlinska M, Siwicki JK. A Set of 17 microRNAs Common for Brain and Cerebrospinal Fluid Differentiates Primary Central Nervous System Lymphoma from Non-Malignant Brain Tumors. Biomolecules. 2021;11(9):1395. doi: 10.3390/biom11091395.

Ostrowska B, Rymkiewicz G, Chechlinska M, Blachnio K, Domanska-Czyz K, Bystydzienski Z, Romejko-Jarosinska J, Borysiuk A, Rybski S, Michalski W, Walewski J. Prognostic Value of the Immunological Subtypes of Adolescent and Adult T-Cell Lymphoblastic Lymphoma; an Ultra-High-Risk Pro-T/CD2(-) Subtype.Cancers (Basel). 2021;13(8):1911. doi: 10.3390/cancers13081911.

Zięba S, Chechlińska M, Kowalik A, Kowalewska M. Genes, pathways and vulvar carcinoma – New insights from next-generation sequencing studies.Gynecol Oncol. 2020;158(2):498-506. doi: 10.1016/j.ygyno.2020.05.034.

Zajdel M, Rymkiewicz G, Sromek M, Cieslikowska M, Swoboda P, Kulinczak M, Goryca K, Bystydzienski Z, Blachnio K, Ostrowska B, Borysiuk A, Druzd-Sitek A, Walewski J, Chechlinska M, Siwicki JK. Tumor and Cerebrospinal Fluid microRNAs in Primary Central Nervous System Lymphomas. Cancers (Basel). 2019;11(11):1647. doi: 10.3390/cancers11111647.

Sromek M, Glogowski M, Chechlinska M, Kulinczak M, Szafron L, Zakrzewska K, Owczarek J, Wisniewski P, Wlodarczyk R, Talarek L, Turski M, Siwicki JK. Changes in plasma miR-9, miR-16, miR-205 and miR-486 levels after non-small cell lung cancer resection. Cell Oncol (Dordr). 2017;40(5):529-536. doi: 10.1007/s13402-017-0334-8

Sromek M, Czetwertyńska M, Tarasińska M, Janiec-Jankowska A, Zub R, Ćwikła M, Nowakowska D, Chechlińska M. Analysis of Newly Identified and Rare Synonymous Genetic Variants in the RET Gene in Patients with Medullary Thyroid Carcinoma in Polish Population.  Endocr Pathol. 2017;28(3):198-206. doi:10.1007/s12022-017-9487-2.