Adiunkci:

dr n. med. Agnieszka Dansonka-Mieszkowska, dr n. med. Aneta Janiec-Jankowska, dr n. przyr. Bożena Konopka, dr n. przyr. Iwona Rzepecka, dr n. med. Ewa Kwiatkowska

Specjaliści laboratoryjnej genetyki medycznej:

dr n. med. Andrzej Tysarowski, dr. n. med. Aneta Janiec-Jankowska

Diagności laboratoryjni:

dr Agnieszka Dansonka-Mieszkowska,  dr Ewa Kwiatkowska, mgr Magdalena Grabowska-Kierył,  dr Bożena Konopka (biolog),  mgr Katarzyna Olszewska,  mgr Martyna Łukasik, mgr Urszula Piekarska, dr Iwona Rzepecka,  mgr Paweł Leszczyński, dr n. med. Anna Stachurska, mgr Aneta Wojnowska, mgr Anna Pająk, mgr Agnieszka Budziłowska

Biolodzy/biotechnolodzy:

mgr Anna Grzelak, mgr Agnieszka Podgórska,  inż. biotech. Renata Łotocka

Technicy:

tech.Ewa Cybulska, tech.Iwona Tyszer, tech. Grażyna Bartosiak

Pracownia Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów obejmuje zespół doświadczonych specjalistów z zakresu laboratoryjnej genetyki medycznej, biologów i biotechnologów oraz zespół pracowników technicznych ukierunkowanych na wykonywanie diagnostycznych i naukowych badań genetycznych mających na celu identyfikację mutacji germinalnych  i  somatycznych oraz określenie ich roli w patogenezie procesu nowotworzenia. Genetyczna diagnostyka nowotworów umożliwia przede wszystkim różnicowanie nowotworów, kwalifikację pacjentów do terapii celowanych, jak również pozwala na monitorowanie przebiegu procesu leczenia.  W procesie diagnostycznym znajduje również zastosowanie w zakresie określenia ryzyka rozwoju danego nowotworu oraz stanowi podstawę do objęcia poradnictwem genetycznym i wdrożenia profilaktyki u rodzin podwyższonego ryzyka.

W skład Pracowni Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów wchodzą Laboratoria: Genotypowania i Sekwencjonowania Masowego, Cytogenetyki Guzów Litych i Badań Predyspozycji Genetycznych Nowotworów. Pracownia posiada uprawnienia wymagane do wykonywania badań w zakresie laboratoryjnej diagnostyki nowotworów (wpis do rejestru KIDL 2826).

W obszarze badań molekularnych guzów litych Pracownia prowadzi diagnostykę zmian genetycznych – mutacje somatyczne w genach KRAS, NRAS i BRAF, w celu kwalifikacji pacjentów do terapii celowanych w zaawansowanym raku jelita grubego z wykorzystaniem przeciwciał monoklonalnych takich jak panitumumab i cetuksimab. Analizowane są również mutacje w  genach BRAF, KIT i NRAS w czerniaku w celu kwalifikacji do terapii celowanej z wykorzystaniem m.in. vemurafenibu –drobnocząsteczkowego inhibitora kinazy tyrozynowej BRAF; mutacje w genie EGFR w niedrobnokomórkowym raku płuca (NDRP) – kwalifikacja do terapii celowanej z wykorzystaniem inhibitorów kinazy tyrozynowej takich jak: erlotinib, gefitinib, afatinib; mutacje w genach KIT i PDGFRA w nowotworach podścieliska przewodu pokarmowego (GIST) – kwalifikacja do terapii celowanej z wykorzystaniem imatinibu; oraz mutacje w genach  BRCA1 i BRCA2 w raku jajnika – kwalifikacja do terapii celowanej z wykorzystaniem olaparibu. Laboratorium Genotypowania i Sekwencjonowania Masowego wykonuje również badania mutacji BRAF (czerniak) i EGFR (niedrobnokomórkowy rak płuca) w ctDNA (ang. circulating tumor DNA – krążący we krwi obwodowej DNA pochodzący z komórek nowotworowych) – technika umożliwiająca badanie mutacji somatycznych we krwi obwodowej bez konieczności pobierania wycinka nowotworu. Badanie wykonywane jest zarówno u pacjentów pierwszorazowych, jak i do monitorowania procesu leczenia. Wykonywane są również oznaczania mutacji genów IDH1 i IDH2 oraz metylacji promotora MGMT w nowotworach ośrodkowego układu nerwowego (czynniki predykcyjne w terapii onkologicznej, klasyfikacja).

Prowadzona jest również jednoczasowa analiza wielu fuzji genowych oraz mutacji genowych (na poziomie RNA i DNA) w genach z rodziny NTRK, genu ROS1 i genu ALK w różnych typach nowotworów z wykorzystaniem celowanego sekwencjonowania następnej generacji (NGS – ang. Next Generation Sequencing). Diagnostyka ta pozwala na identyfikację subpopulacji pacjentów z niskim rozpowszechnieniem zmian molekularnych we wszystkich typach guzów litych w stadium miejscowo zaawansowanym i zaawansowanym, również w pierwotnych nowotworach mózgu jak i przerzutach do OUN. Pacjenci z wykrytymi rearanżacjami genów NTRK1, NTRK2, NTRK3, ROS1 czy ALK mają możliwość kwalifikacji do leczenia w ramach aktualnie toczącego się w Centrum Onkologii-Instytucie badania klinicznego.

Badania molekularne prowadzone są z wykorzystaniem nowoczesnych technik biologii molekularnej tj. sekwencjonowania następnej generacji (NGS) i sekwencjonowania bezpośredniego metodą Sangera, MLPA, qPCR, dHPLC.

W obszarze diagnostyki guzów litych materiał pochodzenia nowotworowego oznaczany jest z wykorzystaniem mikroskopowej techniki FISH – (fluorescencyjna hybrydyzacja in situ) celem różnicowania nowotworów: rearanżacja SS18 w sarcomasynoviale (mięsak maziówkowy),  rearanżacja EWSR1 w Ewingsarcoma (mięsak Ewinga), rearanżacja FOXO1 w rhabdomyosarcoma (mięśniakomięsak prążkowanokomórkowy), rearanżacja DDIT3 w myxoidliposarcoma (tłuszczakomięsak), rearanżacja FUS w myxoidliposarcoma (tłuszczakomięsak) i  lowgradefibromyxoidsarcoma, fuzja COL1A1/FGFR w dermatofibrosarcomaprotuberans (włókniakomięsak guzowaty skóry), czy delecje 1p/1q – 19p/19q w nowotworach gleju skąpowypustkowego. Badania kwalifikacji do terapii celowanych obejmują m.in. amplifikację genu HER2 w raku piersi – trastuzumab (herceptyna) oraz badanie rearanżacji genu ALK lub ROS1– niedrobnokomórkowy rak płuca – kryzotynib.

Laboratorium Badań Predyspozycji Genetycznych Nowotworów wykonuje przede wszystkim oznaczenia genów BRCA1, BRCA2, NBS1, CHEK2, TP53, PALB2, MLH1, MSH2, MSH6, CDKN2A , APC  i innych. Na przełomie kilku ostatnich lat zostało przebadanych ponad 13500 pacjentów skierowanych z Poradni Genetycznej COI i innych ośrodków medycznych, jak również w ramach zleceń indywidualnych. Badania realizowane są m.in. w ramach programów Ministerstwa Zdrowia pn. ”Program opieki nad rodzinami wysokiego dziedzicznie uwarunkowanego ryzyka zachorowania na nowotwory złośliwe – Moduł I – wczesne wykrywanie nowotworów złośliwych w rodzinach wysokiego, dziedzicznie uwarunkowanego ryzyka zachorowania na raka piersi i raka jajnika”  oraz ”Programu opieki nad rodzinami wysokiego dziedzicznie uwarunkowanego ryzyka zachorowania na nowotwory złośliwe – Moduł II – wczesne wykrywanie i prewencja nowotworów złośliwych w rodzinach wysokiego, dziedzicznie uwarunkowanego ryzyka zachorowania na raka jelita grubego i błony śluzowej trzonu macicy”.

Badania diagnostyczne wykonywane są dla potrzeb pacjentów COI,  ośrodków współpracujących, jak również pacjentów indywidualnych.

Wykonywane procedury diagnostyczne są zwalidowane i poddawane regularnym wewnętrznym i zewnętrznym kontrolom jakości badań genetycznych. Pracownia uczestniczy w następujących międzynarodowych kontrolach jakości:

• EMQN (European Molecular Genetics Quality Network) dla wykonywanych badań identyfikacji mutacji somatycznych genów: KRAS, NRAS, EGFR, BRAF.
• UK NEQAS Molecular Genetics (United Kingdom National External Quality Assessment Service) dla wykonywanych badań identyfikacji mutacji somatycznych genów: cKIT i PDGFRA.
• COLON External Quality Assessment (EQA) organizowanego przez European Society of Pathology we współpracy z University of Leuven – Department of Public Health Biomedical Quality Assurance Research Unit.
• Europejska Kontrola Jakości NEQAS ICC & ISH For immunocytochemistry and In Situ Hybridisation, United Kingdom National External Quality Assessment Service(UK)
• Kontrola Międzylaboratoryjna FISH HER2 (Polska): Warsztaty Patologii Molekularnej PathVysion, Organizator: Abbott Laboratories
• Kontrola Międzylaboratoryjna FISH ALK (Polska): Warsztaty Patologii Molekularnej PathVysion, Organizator: Abbott Laboratories
• Lung External Quality Assessment (EQA) organizowanego przez European Society of Pathology we współpracy z University of Leuven – Department of Public Health Biomedical Quality Assurance Research Unit.

Działalność naukowa Pracowni Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów obejmuje zagadnienia realizowane w ramach następujących zadań badawczych Planu Naukowego Centrum Onkologii-Instytutu: „Ocena częstości mutacji w genie CDH1 oraz wybranych mutacji PALB2 u chorych z podtypem rozlanym raka żołądka oraz u pacjentów z obciążeniem rodzinnym sugerującym zespół dziedzicznego rozlanego raka żołądka”; „Populacyjne badania asocjacji genowych”; „Poszukiwanie mutacji germinalnych i/lub polimorfizmów w genach BRCA1, BRCA2,TP53 oraz CHEK2 u chorych na nowotwory złośliwe z rodzin spełniających kryteria zespołu Li-Fraumeni i Li-Fraumeni-like oraz u chorych na raka piersi w szczególnie młodym wieku”; Poszukiwanie mutacji germinalnych i/lub polimorfizmów w genie BRCA1 i TP53 u chorych na trójnegatywnego raka piersi (ER, PR, HER2 negatywny)”; „Poszukiwanie mutacji germinalnych i /lub polimorfizmów w genach umiarkowanego ryzyka PALB2 i NBS1 u chorych na raka piersi”; „Badanie częstości polimorfizmu rs11655505 i poziomu metylacji otaczających go sekwencji DNA w regionach promotorowych genów BRCA1/NBR1 u chorych na rodzinnego raka piersi i raka jajnika”; „Częstość germinalnych mutacji w genach: 1) BRCA2 u chorych na rodzinnego raka piersi i/lub jajnika z Mazowsza i Małopolski; 2) PALB2 u nieselekcjonowanych chorych na raka piersi leczonych w Centrum Onkologii w Warszawie”; „Analiza somatycznych zmian genetycznych i predyspozycji dziedzicznych u chorych z rakiem jajnika”; „Poszukiwanie molekularnych markerów diagnostycznych, prognostycznych i predykcyjnych u pacjentek z rakiem jajnika”; „Analiza somatycznych zmian genetycznych i predyspozycji dziedzicznych oraz poszukiwanie molekularnych markerów diagnostycznych, prognostycznych i predykcyjnych u pacjentek z rakiem jajnika”.

W wyniku badań prowadzonych z udziałem Pracowni Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej Nowotworów w  Centrum Onkologii – Instytut w Warszawie, jako pierwsza jednostka w Polsce wprowadziła molekularne badania diagnostyczne w kierunku kwalifikacji pacjentów do terapii celowanej w GIST, przerzutującym raku jelita grubego, niedrobnokmórkowym raku płuca, czy czerniaku do rutynowego zastosowania. Na podstawie zdobytych doświadczeń wypracowano i wdrożono standardy dotyczące przygotowania materiału archiwalnego (bloczków parafinowych i preparatów cytologicznych) do diagnostyki molekularnej, a także zoptymalizowano i wystandaryzowano testy genetyczne do wiarygodnej oceny badanych zaburzeń genetycznych. Przeprowadzono pierwszy ogólnopolski proces walidacji laboratoriów zajmujących się  wykonywaniem badań onkogenetycznych (rezultaty opublikowane w dwóch pracach w Onkologii w Praktyce Klinicznej).

Pracownia wyposażona jest w nowoczesny sprzęt do badań molekularnych w tym m.in. aparaturę zakupioną dzięki „Narodowemu Programowi Zwalczania Chorób Nowotworowych – Zakup aparatury diagnostycznej dla wczesnego wykrywania nowotworów” programowi zdrowotnemu Ministerstwa Zdrowia. Są to m.in.: sekwenator następnej generacji (NGS) S5 , sekwenator kapilarny, systemy qPCR, bioanalizator, systemy do automatycznej izolacji kwasów nukleinowych.

Specjaliści zatrudnieni w Pracowni są autorami i współautorami polsko- i anglojęzycznych publikacji naukowych oraz wykonawcami projektów naukowych (m.in. finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki).

Aby sprostać coraz wyższym wymaganiom stawianym laboratoriom genetycznym, personel aktywnie uczestniczy w szkoleniach i konferencjach, które służą podnoszeniu kompetencji oraz zdobywaniu specjalistycznej wiedzy.

Pracownia współpracuje ze wszystkimi klinikami Centrum Onkologii – Instytut w Warszawie, Pracownią Wdrażania i Walidacji Molekularnych Technik Diagnostycznych oraz z licznymi jednostkami zewnętrznymi.