W skład Bloku Operacyjnego wchodzi 11 sal operacyjnych w tym 2 sale brachyterapii. Każda Klinika zabiegowa ma do dyspozycji przydzieloną salę operacyjną zgodnie z obowiązującą Ramowym Planem Pracy Bloku Operacyjnego. Blok Operacyjny jest przygotowany do pracy przez całą dobę we wszystkie dni tygodnia. Zabiegi planowe wykonywane są w trybie przed i popołudniowym w godzinach od 8.00 do 19.00  od poniedziałku do piątku. Zabiegi dyżurowe wykonywane są bez względu na dzień tygodnia o każdej porze dnia i nocy.